Qarabağ müharibəsi dövründə Füzuli bu müharibənin ağrı-acısını ən çox yaşayan rayonlardan olub. Rayonun Dağlıq Qarabağla həmsərhəd kəndləri hələ 1989-cu ildən erməni quldur dəstələrinin basqına məruz qalıb. 1990-cı il yanvar ayının 11 də Füzuli şəhərinə sovet ordusunun ruslardan ibarət desant birləşmələri yeridilib. Artıq həmin dövrdə rayonun Qacar, Yuxarı Yağlıvənd, Gövşad, Hoğa, Qoçəhmədli və digər kəndləri erməni silahlılarının basqınlarına məruz qalırdı.
Düşmənin hücumlarının dəf edilməsi məqsədi ilə rayonun kəndlərindən və respublikanın digər bölgələrindən gələn könüllülərdən ibarət bölüklər və taborlar yaradılmağa başladı. İlk dövrlər ov tüfəngləri və kustar üsulla hazırlanmış silahlarla silahlanan bu könüllülər rus hərbçiləri tərəfindən atıcı silahlarla təmin olunmuş ermənilərin basqınlarını dəf edirdilər. Artıq 1991-ci ilin sonu – 1992-ci illərin
əvvəllərində Füzuli rayonunda ilk taborlar formalaşdırıldı. Qeyd olunan dövrdə rayonun müdafiəsi 4 könüllü tabor və rayon polisi tərəfindən təşkil olunmuşdu.
1992-ci ilin 16 mart tarixində ermənilər Füzuli şəhərini və ətraf yaşayış məntəqələrini «Qrad» reaktiv-atəş sistemlərindən və toplardan atəşə tutdu. Şəhərin mərkəzinə, eləcə də rayon hərbi komissarlığının həyətinə düşən mərmilərin partlayışı nəticəsində onlarla insan həlak oldu və yaralandı. Bundan sonra əhali şəhəri tərk etməyə başladı.
1992-ci ilin yay ekspanasiyası zamanı Azərbaycan Silahlı Qüvvələri Füzuli rayonu istiqamətində də hücumlarını davam etdirdi. Füzuli rayonunun Hadrutla həmsərhəd bəzi kəndləri, eləcə də Xocavənd rayonunun bir neçə kəndi quldur dəstələrindən təmizləndi. Lakin təəssüflər olsun ki, sonradan bu əməliyyatlar uğursuzluqla nəticələndi. 1993-cü il yanvarın 3-də sübhə yaxın Aşağı Veysəlli kəndinə hücum edən düşmən bir neçə gün əvvəl Azərbaycan əsgərləri tərəfindən azad edilmiş kəndi dağıtdı. Döyüşlərdə 50-yə yaxın Azərbaycan könüllüsü həlak oldu.
2020-ci ilin 27 sentyabrından başlamış 17 oktyabr tarixinə kimi davam edən, Azərbaycan Respublikasının Füzuli rayonu və Füzuli şəhəri uğrunda Azərbaycan Silahlı Qüvvələri və Ermənistan Silahlı Qüvvələri arasında baş verən döyüşlər, İkinci Qarabağ müharibəsində olan döyüşlərdən biri idi.
Nəticədə, Füzuli rayonunun 18 kəndi, üstəlik Cəbrayıl və Xocavənd rayonunun bir sıra yaşayış məntəqələri Azərbaycan ordusu tərəfindən azad edilir.
Füzuli əməliyyatı Azərbaycan Ordusunun İkinci Qarabağ müharibəsində cənub-şərq cəbhəsində baş vermiş ən əhəmiyyətli döyüşlərdən biri olub.
Bu günlərdə Füzuli rayon ictimaiyyətinin nümayəndələri ilə görüş zamanı Prezident İlham Əliyev cəbhə bölgələrində gedən uğurlu işlərlə tanışlığından məmnun olduğunu bildirərək söylədi: “Müharibədən əziyyət çəkmiş bölgələrdə gözəl binaların, müəssisələrin yaradılması, əlbəttə ki, xüsusi məna daşıyırE Yaxşı bilirsiniz ki, buralar erməni işğalı altında idi. Füzuli rayonunun, demək olar, hamısı işğal altına düşmüşdü. Amma Heydər Əliyevin rəhbərliyi ilə Azərbaycan ordusunun qəhrəmanlığı nəticəsində Füzuli rayonunun müəyyən hissəsi işğalçılardan azad edilibdir. Burada bütün binalar dağıdılmışdı, yandırılmışdı. Bu binalar bərpa olundu. Minlərlə bina, sosial infrastruktur bərpa olundu. Horadiz qəsəbəsinə şəhər statusu verildi. Bu gün abadlıq işləri aparılır, gözəl müəssisələr, obyektlər açılır”.
Həqiqi mənada inkişaf yoluna qədəm qoymuş Füzulinin işğaldan azad edilmiş qəsəbə və kəndlərində coşqun tərəqqi, yüksəliş var. Müharibədən və qaçqınlıqdan əziyyət çəkmiş insanlar nə yaxşı ki, nəhayət, öz yurdlarına qayıdaraq qurub yaratmaqla məşğuldurlar. Qarabağın bu qədim və gözəl guşəsində gördüklərimiz bizi həm xiffətləndirdi, həm də ürəkdən sevindirdi. Bədnam qonşularımızın taladığı, yandırdığı evlərdən nişanələr hələ də qalmaqdadır. Bir tərəfdə isə torpağına qayıdanların dövlətimizin dəstəyi və köməyi sayəsində qurub yaratdıqlarını, düşmənin acığına gözəl həyat və yaşayışı bərpa etdiklərini gördükcə sevinirdik. Bineyi-qədimdən Qarabağ camaatı ağayana, səxavətli, qoçaq, torpağına bağlı, yurdsevər və çalışqan olub. Nə yaxşı ki, Füzuli rayonunun 21 kəndi və 1 qəsəbəsi düşmən işğalından azad edilərək öz halal sahiblərinə qaytarılıb. İndi bu yerlərdə bir özgə aləm var.
Qayıdanların evləri dövlət tərəfindən bərpa edilərək əvvəlki vəziyyətinə qaytarılıb.
Azərbaycan Ordusunun 2020-ci il sentyabrın 27-də başladığı əks-hücum nəticəsində aparılan döyüş əməliyyatları ilə 2020-ci il oktyabrın 17-də Füzuli şəhəri erməni işğalından azad edilib.Döyüşlər başlayandan oktyabrın 17-dək Füzuli rayonunun bir neçə kəndi uğurlu əməliyyatlarla işğaldan azad olunub. Füzuli şəhərinin işğaldan azad edilməsi xəbərini isə Azərbaycan Prezidenti, Ali Baş Komandan İlham Əliyev oktyabrın 17-də xalqa müraciətində çatdırıb.
Prezident müraciətində həmin gün Füzuli şəhəri ilə yanaşı, Füzuli rayonunun Qoçəhmədli, Cuvarlı, Pirəhmədli, Musabəyli, Çimən, İşıqlı və Dədəli kəndlərinin də işğalından azad olunduğunu elan edib.
Füzuli şəhərinin işğaldan azad edilməsi uğrunda şiddətli döyüşlər gedib. Düşmənin müqavimətini qıran Azərbaycan Ordusu onu geri çəkilməyə məcbur edib, ağır məğlubiyyətə uğradıb. Füzuli əməliyyatı zamanı Ermənistan ordusunun xeyli canlı qüvvəsi və texnikası məhv edilib.
Azərbaycan Respublikasında “Füzulinin azad olunmasına görə” medalı təsis olunub. Prezident İlham Əliyevin Sərəncamı ilə Füzuli rayonunun işğaldan azad edilməsi uğrunda aparılmış döyüş əməliyyatlarında iştirak edərək şəxsi igidlik və şücaət nümayiş etdirmiş hərbi qulluqçular “Füzulinin azad olunmasına görə” medalı ilə təltif olunub.
Zəngin infrastruktura və tarixi abidələrə malik olmuş Füzuli rayonunda işğaldan əvvəl 2 şəhər, 16 qəsəbə, 82 kənd var idi. Füzuli rayonu tarixi-dini abidələrlə də zəngin idi. Vətən müharibəsində Füzuli şəhəri daxil olmaqla rayonun 62 yaşayış məntəqəsi işğaldan azad edildi. Füzuli uğrunda gedən döyüşlər İkinci Qarabağ müharibəsinin cənub-şərq cəbhəsində ən mühüm döyüşlərindən biri idi. Uğurlu Füzuli əməliyyatı ilə, həmçinin Cəbrayıl və Xocavənd rayonunun da bir sıra yaşayış məntəqələri Ordumuz tərəfindən azad edildi. Əlbəttə ki, Füzulinin azad edilməsi hərbçilərimizin böyük peşəkarlığı, məharəti və fədakarlığı sayəsində mümkün oldu. 30 il ərzində düşmənin təmas xəttində möhkəm istehkamlar qurmasına və hətta ən tanınmış hərbi mütəxəssislərin belə, Füzulini işğaldan azad etmək üçün aylarla vaxt lazım olacağı barədə proqnozlarına baxmayaraq, qəhrəman Azərbaycan Ordusu mümkünsüzü mümkünə çevirdi”, – deyə deputat vurğulayıb.Vətən müharibəsinin gedişində strateji əhəmiyyət kəsb edən Füzuli əməliyyatı ilə qədim yaşayış məskənimiz işğaldan azad olundu. Azərbaycan Ordusu döyüş meydanında xalqımızın qisasını aldı və həlak olanların qanı yerdə qalmadı.
Azərbaycan Ordusunun peşəkarlığı və mərdliyi qarşısında qorxuya düşən düşmən Füzuli uğrunda döyüşlərin son mərhələsində silahlarını yerə atıb qaçdı. Bu döyüşlərdə Ordumuzun göstərdiyi şücaətə verilən yüksək önəmin təzahürü olaraq ölkəmizdə “Füzulinin azad olunmasına görə” medalı təsis edilib. Müzəffər Ali Baş Komandan, Prezident İlham Əliyevin sərəncamları ilə Füzuli rayonunun işğaldan azad edilməsi uğrunda döyüşlərdə iştirak edərək şəxsi igidlik və şücaət göstərmiş 25167 hərbi qulluqçumuz “Füzulinin azad olunmasına görə” medalı ilə təltif olunub.